home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00161 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.3 KB  |  48 lines
  1. ********************************************************
  2. * Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature *
  3. ********************************************************
  4.  
  5. Aminoacyl-tRNA  synthetases (EC 6.1.1.-) [1] are  a  group  of  enzymes  which
  6. activate amino acids and transfer them to specific tRNA molecules as the first
  7. step in protein biosynthesis. In  prokaryotic organisms  there  are  at  least
  8. twenty different types  of aminoacyl-tRNA synthetases,  one for each different
  9. amino acid. In eukaryotes  there are  generally two aminoacyl-tRNA synthetases
  10. for  each  different amino  acid: one cytosolic form and a mitochondrial form.
  11. While all these  enzymes have  a  common  function, they are widely diverse in
  12. terms of subunit size and of quaternary structure.
  13.  
  14. A few years ago it was found [2] that several aminoacyl-tRNA synthetases share
  15. a  region  of  similarity in  their   N-terminal  section,  in  particular the
  16. consensus tetrapeptide His-Ile-Gly-His ('HIGH') is  very  well  conserved. The
  17. 'HIGH' region has been shown [3] to be part of the adenylate binding site. The
  18. 'HIGH' signature has been found in the aminoacyl-tRNA synthetases specific for
  19. arginine, cysteine, glutamic acid, glutamine, isoleucine, leucine, methionine,
  20. tyrosine,  tryptophan,  and   valine.  These  aminoacyl-tRNA  synthetases  are
  21. referred to as class-I synthetases [4,5,6] and seem to share the same tertiary
  22. structure based on a Rossmann fold.
  23.  
  24. -Consensus pattern: P-x(0,2)-[STAN]-x(2)-[LIVMFYP]-[HT]-[LIVMFYAC]-G-[HNTG]-
  25.                     [LIVMFYSTAC]
  26. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  27.  for Cys-tRNA ligases and three other sequences.
  28. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 52.
  29.  
  30. -Note: in position 8 of the  pattern His is present in all tRNA-synthetases of
  31.  class-I  except in some bacterial tryptophanyl-tRNA synthetases  which have a
  32.  Thr in that position.
  33.  
  34. -Last update: June 1994 / Text revised.
  35.  
  36. [ 1] Schimmel P.
  37.      Annu. Rev. Biochem. 56:125-158(1987).
  38. [ 2] Webster T., Tsai H., Kula M., Mackie G.A., Schimmel P.
  39.      Science 226:1315-1317(1984).
  40. [ 3] Brick P., Bhat T.N., Blow D.M.
  41.      J. Mol. Biol. 208:83-98(1988).
  42. [ 4] Delarue M., Moras D.
  43.      BioEssays 15:675-687(1993).
  44. [ 5] Schimmel P.
  45.      Trends Biochem. Sci. 16:1-3(1991).
  46. [ 6] Nagel G.M., Doolittle R.F.
  47.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88:8121-8125(1991).
  48.